口腔溃疡有许多种类及病因。口腔溃疡可能是由感染、全身性疾病、物理或化学刺激或过敏反应所引起（见表格口腔溃疡的部分原因）。通常原因是未知的。在一般情况下，由于唾液的正常流动有助于保护口腔粘膜，减少唾液分泌的任何疾病可使口腔溃疡的发生可能性增大。
口疮的最常见病因是
复发性阿弗他口炎（口疮）
病毒感染
其他感染（由真菌或细菌引起）
损害或刺激性食物或化学物质
使用烟草
药物（尤其是化疗药物）和放疗
系统性疾病
病毒感染
病毒是导致口腔溃疡最常见的病原体。唇部的唇疱疹和不太常见的由单纯疱疹病毒引起的上腭溃疡可能是最众所周知的。然而，许多其他病毒也可引起口腔溃疡。水痘带状疱疹病毒是引起水痘以及被称为带状疱疹的疼痛性皮肤疾病的病毒，可引起口腔一侧的多个溃疡。疱疹病毒潜伏在人体内，受到激惹时骤然发作导致带状疱疹。在偶然的情况下，溃疡愈合后口腔可疼痛达数月或数年，甚至是永久性的。
感冒疮
3D 模型
其它感染
细菌感染会导致口腔溃疡和肿胀。感染可能是由正常存在于口腔的病原体过度生长或新入侵的病原体引起，如引起梅毒或淋病的细菌。来源于牙齿或牙龈的细菌感染扩展后可能形成蓄积脓液的囊袋（脓肿），也可能导致局部炎症。
梅毒感染的早期阶段，口腔内或者唇部可出现红色无痛的溃疡（下疳）。通常情况下，几周后溃疡愈合。如果梅毒没有得到治疗，4～10周后，唇或者口腔内部会形成一个白色区域（黏膜白斑）。下疳和黏膜白斑具有高度的传染性，在该阶段通过接吻也可导致疾病传染。梅毒的晚期，上腭或舌可出现树胶肿，梅毒在该阶段不具有传染性。在这个阶段，此病不会传染。
酵母白色念珠菌在口腔内是正常存在的。但是，在服用抗生素或糖皮质激素的人或免疫系统较弱的人中可过度生长。念珠菌可引起白色的干酪样斑块，当这些斑块被擦去会导致口腔粘膜上层的破坏（鹅口疮）。有时只出现平坦的红色区域。
念珠菌引起的口腔炎
3D 模型
其它感染
细菌感染会导致口腔溃疡和肿胀。感染可能是由正常存在于口腔的病原体过度生长或新入侵的病原体引起，如引起梅毒或淋病的细菌。来源于牙齿或牙龈的细菌感染扩展后可能形成蓄积脓液的囊袋（脓肿），也可能导致局部炎症。
梅毒感染的早期阶段，口腔内或者唇部可出现红色无痛的溃疡（下疳）。通常情况下，几周后溃疡愈合。如果梅毒没有得到治疗，4～10周后，唇或者口腔内部会形成一个白色区域（黏膜白斑）。下疳和黏膜白斑具有高度的传染性，在该阶段通过接吻也可导致疾病传染。梅毒的晚期，上腭或舌可出现树胶肿，梅毒在该阶段不具有传染性。在这个阶段，此病不会传染。
酵母白色念珠菌在口腔内是正常存在的。但是，在服用抗生素或糖皮质激素的人或免疫系统较弱的人中可过度生长。念珠菌可引起白色的干酪样斑块，当这些斑块被擦去会导致口腔粘膜上层的破坏（鹅口疮）。有时只出现平坦的红色区域。
念珠菌引起的口腔炎
图片
此照片中白色的干酪样斑块是因酵母白色念珠菌（鹅口疮）引起的。
照片由 Jonathan A. Ship 牙科医学博士提供。
损伤或刺激
任何类型的口腔损害或损伤，例如，脸颊内侧被意外咬伤或被开裂或锋利的牙齿或不合适的假牙而刮伤，都可在口腔内形成水泡（囊泡或大疱）或溃疡。通常情况下，疱的表面或很快破裂形成溃疡。
许多食品和化学品可刺激或触发一种过敏反应，引起口腔溃疡。酸性食品、肉桂调味剂或收敛剂可能更具有刺激性，常见物质如牙膏、漱口液、糖果和口香糖的某些成分也具有刺激性。
吸烟
烟草使用会导致口腔溃疡。溃疡最有可能是由于暴露于在烟草制品中发现的天然的刺激物，毒素和致癌物而产生，但也有可能是由于口腔黏膜的干燥、口腔内高温、口腔内酸度的变化，或对病毒，细菌和真菌感染抵抗力降低。
药物和放疗
导致口腔溃疡最常见的药物包括某些癌症化疗药物。放射疗法也是口腔溃疡的常见原因。曾经用于治疗类风湿性关节炎和其他一些自身免疫性疾病的含金药物也会引起口腔溃疡，但由于现在可获得更安全、更有效的药物，因此很少使用这些药物。在罕见的情况下，服用抗生素后可能会产生口腔溃疡。
系统性疾病
许多疾病影响身体的其他部位的同时也会影响到口腔。白塞氏综合征是一种可影响许多器官，包括眼、生殖器、皮肤、关节、血管、脑、胃肠道的炎症性疾病，可引起反复发作的痛性口腔溃疡。Stevens-Johnson 综合征是一种引起皮肤水疱和口腔溃疡的过敏反应性疾病。某些炎症性肠病患者也可能伴发口腔溃疡。严重乳糜泻是由于对麸质不耐受（小麦和其他一些谷物的成分）而引起的，该病患者常发生口腔溃疡。扁平苔藓是一种皮肤疾病，在极少数情况下可引起口腔溃疡，虽然这些溃疡并不像皮肤上的溃疡那样不舒服。寻常天疱疮和大疱性类天疱疮都属于皮肤病，两者都可以导致口腔内形成水疱。
铁、烟酸（维生素 B3）、维生素 B6、维生素 B12 和维生素 C 的营养缺乏也可能引起口疮。
